瑞源寺は、福井藩５代藩主の松平昌親（後に第７代も勤め吉品と改名）と、その母高照院の菩提を弔う福井藩ゆかりの寺で、臨済宗妙心寺派に属する。
昌親が吉江藩主に在任のおり、吉江（鯖江）にあった泰澄開基の同寺旧跡に小院が建てられたのがはじまりと伝える。延宝２年（１６７４）昌親が福井藩主になるとともに、当寺も現在地に移った。
足羽山北麓の傾斜地を利用して境内が構成され、本堂裏手の山腹には探源院（昌親）と高照院の笏谷石製の墓が並ぶ廟所がある。
入母屋造りの本堂は、万延元年（１８６０）に福井城本丸御殿のうち「御小座敷」という御殿が、本堂右手後方の書院は、同じく「大奥御座之間」が天保期以降に移築されたもので、今はない福井城の現存する唯一の建築遺構として貴重であり、県指定の文化財となっている。
境内墓地の一隅には、福井機業発展の功労者三宅丞四郎（１８３２～１８９５）の事績を顕彰する機業碑が立っている。